北京农民专业合作社注销流程为：

1. 成立清算组，登报或在公示系统进行清算组成员、债权人信息公告45天，清理企业债权债务等各项事宜。

2. 办理清税手续，向税务部门回缴税控盘、未使用发票等。

3. 申请注销登记，清算组向登记机关提交注销登记申请书、股东会(股东大会/投资者/成员大会)决议、清算报告和清税证明等相关材料。

4. 其他注销，包括开户银行、印章、shebao公积金、资质许可证等。

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