北京农民专业合作社股东变更登记流程如下：

1. 由合作社的法定代表人签署相应的农民专业合作社变更登记申请书。

2. 由成员大会或者成员代表大会作出是否变更股东的决议。

3. 提交变更申请。

4. 工商审核及验资。

5. 向农委备案。

以上信息仅供参考，企业注册、各类变更（法人变更、股权变更、经营范围、注册资本变更等等）、提供工商注册地址、税务报到、工商/税务异常解除、公司核名等企业服务一站式通办，欢迎来电详询！

请注意，在办理股东变更登记前，需要准备好相应的材料，包括成员大会或成员代表大会作出的决议、修改后的章程或章程修正案、变更申请书等。同时，根据规定，合作社的法定登记事项变更的，应当申请变更登记，以便于相关部门进行审核和批准。