有限公司年报的填写操作流程如下：

1. 打开国家企业信用信息公示系统网站，点击“企业信息填报”，选择公司所在地。
2. 点击新页面中的“点击登录”，选择“电子营业执照登录”，通过扫描二维码的方式进行登录。登录后即可进入年报填报页面。
3. 根据页面提示，确认公司名称，并填写年报信息。需要包括财务报表、经营活动、人员情况等信息。请确保信息准确完整，并做出任何修改。
4. 填报完成后，点击“提交并公示”按钮，完成年报的填报。
5. 等待系统审核，填报成功后，可以在公示系统中查看已公示的年报信息。

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