农民专业合作社减少注册资本变更登记的流程如下：

1. 准备相关材料，包括农民专业合作社法定代表人签署的《农民专业合作社变更登记申请书》（法定代表人签名）、成员大会或者成员代表大会做出的变更决议、法定代表人签署的修改后的章程或者章程修正案等。

2. 申请人登录省工商局网上登记注册大厅在线填写业务表单并提交电子材料，提出行政许可申请，登记机关对网上填报的申请文件、材料进行初审。

3. 申请文件、材料齐全且符合法定形式的，登记机关通过初审，告知申请人到窗口或通过邮政快递提交纸质文件及予以受理并出具《受理通知书》。

4. 登记机关自受理材料5个工作日内作出审查决定。

5. 准予许可的，出具《核准登记通知书》并告知申请人自决定之日起10个工作日内核发营业执照，由申请人现场领取。不准予许可的，出具《登记驳回通知书》，并说明不准予登记的理由。

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