在处理地下室空间商业备案的租赁问题时，需要关注租赁协议的合法性、租赁双方的权益保护以及租赁过程中的相关手续和要求。以下是对这一问题的详细解答：

一、租赁协议的合法性

1.租赁协议内容：

租赁协议应明确地下室空间的具体位置、面积、用途、租赁期限、租金及支付方式等关键条款。

协议中应包含对双方权益的保护条款，如违约责任、争议解决方式等。

2.法律合规性：

租赁协议应符合当地法律法规的规定，不得违反相关法律法规的禁止性规定。

地下室空间用作商业用途时，应确保租赁活动符合当地商业租赁的相关规定。

二、租赁双方的权益保护

1.出租方权益：

出租方应确保所提供的地下室空间符合安全、卫生、环保等方面的要求。

出租方有权按照协议约定收取租金，并有权在租赁期限届满后收回地下室空间。

2.承租方权益：

承租方有权在租赁期限内按照协议约定的用途使用地下室空间。

承租方应确保在使用过程中遵守相关法律法规和协议约定，不得擅自改变地下室空间的用途或结构。

三、租赁过程中的相关手续和要求

1.备案手续：

在进行地下室空间商业备案时，如涉及租赁关系，应提交租赁协议及租用双方身份证件等证明材料。

备案部门将对租赁协议进行审核，确保其合法性和合规性。

2.税费缴纳：

租赁双方应按照国家相关规定缴纳税费，如房产税、土地使用税、印花税等。

出租方应确保税费缴纳的及时性和准确性，避免因税费问题导致法律纠纷。

3.变更手续：

在租赁期限内，如涉及地下室空间用途、结构等方面的变更，应按照规定向相关部门申请办理变更手续。

变更手续完成后，租赁双方应重新签订或修改租赁协议，确保协议内容的合法性和有效性。

以上为参考，实际操作中可能会遇到其它问题，不懂的来电详询。