垃圾清运处理服务企业资质证书的办理流程如下：

1. 向相关单位提交申请材料，包括基本情况介绍、申报材料、企业简介等。
2. 提交公司的证书和资料，包括企业法人营业执照、开户许可证、安全生产许可证、企业章程、管理制度、工程合同、垃圾清运委托协议等。
3. 审核资料，递交完整的申请材料并等待审核结果。
4. 获得证书。如果企业资质申请通过，将会获得相关单位颁发的垃圾清运处理服务企业资质证书。

请注意，不同地区的办理流程可能会有所不同，许可证申请条件、办理流程、代办费用等服务一站式通办，了解更多相关问题欢迎来电详询！