有害植物防制服务企业资质证书的办理流程如下：
1. 提出申请：向相关单位提出申请。
2. 提交材料：包括企业法人营业执照复印件、固定工作场所证明材料、环保证明材料等。
3. 审核材料：相关单位会组织对申请资质的企业进行审核，并实地考察企业的设备、人员、制度、应急能力等方面的情况。
4. 评审发证：审核通过后，由相关单位进行评审，评审通过后颁发资质证书。

具体的要求和流程可能会因地区和时间的不同而有所变化，许可证申请条件、办理流程、代办费用等服务一站式通办，了解更多相关问题欢迎来电详询！