办理水利工程白蚁防治服务企业资质证书的流程如下：

1. 联系当地的白蚁防治单位，了解资质办理的要求和流程。
2. 准备资质申请所需的材料，包括企业法人营业执照副本、税务登记证、组织机构代码证、近三年企业年度报告公示信息、质量管理认证证书等。
3. 按照要求填写申请表格，并提交相关材料。
4. 等待审核机构进行资料审核，可能需要配合现场检查。
5. 通过审核后，取得白蚁防治企业资质证书。

请注意，不同地区可能存在差异，具体要求可能会有所不同。更多问题欢迎来电咨询！