医疗器械经营备案凭证办理流程如下：

1. 申请人向拟办企业所在地设区的市级负责药品监督管理的部门提出申请，并提交相关资料。
2. 设区的市级负责药品监督管理的部门对相关资料进行审查，如资料齐全且符合要求，则予以受理。
3. 设区的市级负责药品监督管理部门准予许可的，会在法定期限内作出许可决定并颁发医疗器械经营备案凭证。

需要注意的是，具体流程可能因地区而异，建议咨询当地相关部门了解详细流程和要求。此外，申请医疗器械经营备案凭证需要准备相关材料，包括但不限于申请表、负责人身份证明、经营场所证明、仓库设施证明等，确保资料的真实性和完整性。

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